比較結果画面（重ね合わせ、削除部分、比較先のみ表示中など）で以下のいずれかの操作でJPG形式で保存した場合、比較元データしか出力されない事象を確認しております。
・「ファイル」メニューの「名前を付けて保存」をクリック
・ツールバーの「変換」から「JPG形式で保存」をクリック

本問題については、開発元のOpenText社(カナダ)へ機能改善を依頼中であり、今後の新バージョンで改善が図られる見込みです。

なお、「印刷」機能では、比較結果の表示状態と一致するデータを出力できることを確認しております。
Windows 10をご利用されていれば「印刷」機能を使用してPDFファイルとして出力することで本事象を回避できます。