Net-It CentralとBrava/Blazon for FileServerは、一つのサーバーに同居できません。

そのため、Net-It Centralと同じサーバーで移行を行う場合は、先にNet-It Centralをアンインストールしてから、Brava/Blazon for FileServerをインストールする必要があります。
Net-It Centralをアンインストールしても、作成済み変換後データの閲覧はできますが、ビルド処理(新たな変換後データの作成)ができなくなります。
Brava/Blazon for FileServerによる再変換(サイト構築)時間を考慮し、その間ビルド処理を停止できない場合は、新しいサーバーを用意しそこへBrava/Blazon for FileServerをインストールすることをお勧めします。